Il territorio di Pelago si estende a est di Firenze, tra l'Arno e la Sieve, tra le pendici dell'Appennino, del Pratomagno e la Valdisieve. È caratterizzato da numerosi corsi d'acqua che dai crinali montani scendono a raggiera verso le valli e attraversano una sorprendente e incantevole varietà di paesaggio.
Il capoluogo del comune, che conta numerose frazioni, sorge a 350 mt sul livello del mare, lungo la strada che dall'Arno sale fino all'Abbazia di Vallombrosa; ha un centro storico medievale di grande interesse ed è circondato da una campagna rigogliosa, coltivata a viti e ulivi.