Nelle fonti documentarie di età medievale Canino è nominato per la prima volta in una lettera di Papa Leone IV verso la metà del IX sec.; successivamente è menzionato come castello e centro fortificato (Castrum Canini), quando Papa Alessandro III lo cedette nel 1181 ai Viterbesi, assieme a Cellere e Castellardo.
Il momento di maggiore sviluppo della città è da porre in età rinascimentale, quando con la presenza dei Farnese, Canino entrò a fare parte del Ducatodi Castro.
Nella prima metà del 1400 il borgo primitivo venne fortificato da Ranuccio Farnese che eresse l’omonimo Palazzo, inglobando la vecchia Rocca medievale, dove nel 1468 nacque Alessandro, futuro papa Paolo III.
Fino alla distruzione di Castro nel 1649 Canino seguì la fortuna dei suoi signori, nel XVIII sec. con il ritorno di Canino sotto l’Amministrazione della Camera Apostolica la popolazione subì un forte calo demografico e l’edilizia un generale impoverimento.
Solo nei primi anni dell’ottocento, quando Canino venne venduta a Luciano Bonaparte ed eletta a Principato, il paese tornò a vivere una fase di rinascita.
